1570-ben Erdély politikai helyzete a speyeri egyezmény következtében stabilizálódott. 71-ben azonban meghalt János Zsigmond, de ennek ellenére Erdély nem kerül Habsburg kézre (ahogy azt az egyezményben meghatározták), hanem Báthory Istvánt választották fejedelemmé. Báthory kiváló politikus. Fölesküdött II. Miksa német-római császárra, ugyanakkor a töröknek is elküldte a 10 ezer arany adót. Legfõbb törekvése az volt, hogy Erdélyben nyugalmat teremtsen.

1576-ban lengyel királlyá választották, s ekkor alkalma adódott arra, hogy kiûzze a törököket és a németeket a Fejedelemségbõl. Felfogása szerint az országot Erdélybõl kiindulva kell egyesíteni. (ezt a felfogás egészen a XVII. századig megtartották). A probléma azonban az volt, hogy István a lengyel gondokkal volt elfoglalva (perszonálúnió), s korai halála magakadályozta terve megvalósításában. Erdélyt testvére Báthory Kristóf igazgatta. István halála után Báthory Zsigmond lett a fejedelem, aki gyengébb kezû uralkodó volt.

A Habsburgok idõközben II. Rudolf (1576-1608.) vezetésével újabb kísérletet tettek a török kiûzésére. Ezt a háborút a spanyolok is támogatták. A fegyveres küzdelmet a törökök kezdték ugyanis az Oszmán Birodalom még mindig katonaállam volt, és korábbi háborúi (török-perzsa) lezárultak. A törököknek tehát a fennmaradáshoz volt szükséges a hódítás és a zsákmányszerzés. 1593-ban elfoglalták Sisek várát, és hadat üzentek Rudolfnak. Ezzel kezdetét vette a 15 éves háború. Rudolf megnyerte a pápa támogatását, és segítségével Szent Liga alakult, amely a német fejedelemségeket tömörítette. Õt támogatta továbbá Vitéz Mihály havasalföldi vajda és nagybátya, Bocskai István, ösztönzésére Báthory Zsigmond is bekapcsolódott a harcokba. 1595-ben komoly sikereket értek el: visszafoglalták Esztergomot, Visegrádot, Jenõt, Lippát és Világost. A mezei ütközetekben is hatalmas sikereket értek el az egyesített császári-erdélyi csapatok. Gyurgyevónál Báthory és Vitéz Mihály seregei aratnak gyõzelmet. A gyõzelmet azonban nem sikerült kiaknázni, és a következõ évben fordulat következett be. A szultáni sereg ugyanis elfoglalta a külföldi zsoldosok által védett Eger várát, majd Mezõkeresztesnél súlyos vereséget mért az idõközben fegyelmezetlenné vált keresztény seregre. A kezdeményezés átcsúszott az oszmánok kezébe és 1600-ban a délnyugati területekkel együtt elfoglalták Kanizsa várát.

A Habsburgok ekkor keményebb politikába kezdenek:

• A lemondott Báthory Zsigmond helyére Basta Györgyöt küldte, aki átvette Erdély irányítását.
• Zsigmond híveit kiûzték, akik nagyobb részt a török területek felé menekültek.
• Vitéz Mihály kezdetben együttmûködött a Habsburgokkal, ám késõbb Basta megölette. Ezután hatalmasra növekedtek Erdélyben a terhek. Az adók összegét felemelték, és hadi állapotokat hirdettek. A parasztság és nemesség jelentõs része elszegényedett.
• Támadás érte a rendi alkotmányt is. Többek között nem választottak nádort, ezzel korlátozták az országgyûlés mûködését.
• Ellenreformációs törekvések: Kassa templomát a katolikusok elvették az evangélikusoktól, illetve az 1604-es országgyûlésen törvénybe iktatták, hogy az országgyûlés nem foglalkozhat vallási ügyekkel.
• Az osztrákok külföldieknek adták a fõhivatalokat. Ekkor került az országba Belgiojoso (Felsõ Magyarország fõkapitánya), Kolonich Siegfrid (Alsó Magyarország fõkapitánya), stb.
• Az ország bevételeit a leggazdagabb földesurak nyakába varrt fiskális perekkel egészítették ki. A fiskális perek koholt vádak alapján indított eljárások, amelyek általában jószág- és néha fejvesztéssel végzõdtek. Országos fõméltóságokat is perbe fogtak, mint például Rákóczy Zsigmondot és Illésházy Istvánt. Az elégedetlenség országos méreteket öltött.

Bocskai István egy Habsburg párti bihari nagybirtokos, aki korábban Báthory Zsigmond tanácsadója volt. A Habsburgok azonban ellene is fiskális pert indítottak, s ekkor Bocskai fordított politikáján. Az ellene támadó osztrákoknak hátat fordított, és a törökökkel kezdett tárgyalni. Egyik levele eltûnt, és amikor Belgiojoso táborába hívta, attól tartott, hogy le akarják tartóztatni, ezért nem ment el, hanem szövetséget kötött a hajdúkkal és segítségükkel felkeltek a Habsburg uralom ellen.

A németek is sereggel indultak, mert nem értették Bocskai politikáját. A két sereg 1604. október közepén Álmosd és Diószeg határánál találkozott. Itt Bocskai megverte a császári csapatokat, és ezzel megkezdõdött offenzívája. Még abban az évben elfoglalták a Felvidéket és a Dunántúlt, majd 1605-ben a szerencsi országgyûlésen Magyarország királyává választották. A török szultán drágakövekkel kirakott koronát küldött neki, de Bocskai ezt visszautasította hiszen õ nem akarta török védnökség alá helyezni a Királyi Magyarországot, hanem inkább a Habsburgokkal akart megegyezni. Szintén 1605-ben adták ki a kápolnai oklevelet, melynek értelmében a hajdúk kollektív nemesi jogokat és adómentességet kaptak a fegyveres szolgálat fejében. Ez kedvezõ volt az osztrákoknak is, hiszen a hajdúk létszáma elérte a 9 ezret.

1606-ban hosszú diplomáciai tárgyalások után létre jött a bécsi béke, melyben a Királyi Magyarország érdekvédelme valósult meg. Tartalma:

• Az osztrákok figyelembe vették a rendi elõjogokat, és megerõsítették a rendi alkotmányt.
• Felfüggesztették az ellenreformációs törekvéseket.
• Kimondták Erdély önállóságát, és számos területet köztük Tokajt, Ung- Szatmár- és Bereg megyét is a Fejedelemséghez csatoltak.
• A mezõvárosi parasztság kivételével vallásszabadságot adtak a protestánsoknak.
• Elõírták a törökkel kötendõ békét.

Bocskai közvetítésével a bécsi udvar és a porta 1606. november 11-én megkötötte a 15 éves háborút lezáró zsitvatoroki békét. Ebben az egyezményben a fennálló helyzetet szentesítették.

Bocskai István 1606. december 29-én meghalt. Végrendeletében megfogalmazta, hogy szükség van egy magyar fejedelmet Erdélyben fenntartani mindaddig, amíg a magyar korona idegen kézen van. Ha azonban újra magyar királyt választanak, akkor Erdélyt és a Királyi Magyarországot egyesíteni kell.